Madrasah Ibtidaiyah Negeri (MIN) Malang 1 dimotori oleh seorang Kepala Sekolah yang dibantu oleh :

1. Wakil Kepala (WAKA) I dijabat oleh Bapak Drs. Suyanto, M.Pd
Beliau yang membidangi kurikulum dan pembelajaran.
WAKA I ini masih dibantu lagi dengan :
(a) Koordinator Bidang/Korbid Akademik
(b) Korbid PSB yang membawahi laboratorium
(c) Korbid Litbang

2. WAKA II dijabat oleh Bapak Imam Ghozali, S.Ag
Beliau yang membidangi kepegawaian dan keuangan.
WAKA II ini dibantu :
(a) Korbid Tata Usaha
(b) Korbid Bendahara.

3. WAKA III yang dijabat oleh Bapak Imam Ahmadi, S.Ag
Beliau yang membidangi kesiswaan dan kehumasan.
WAKA III ini dibantu oleh:
(a) Korbid PHBN/A
(b) Korbid UKS/BKS
(c) Korbid Unit Pengembangan Minat dan Bakat (UPMB)
(d) Korbid Humas

4. WAKA IV dijabat oleh Bapak Suroto, S.Pd
Beliau yang membidangi sarana prasana.
WAKA IV ini dibantu :
(a) Korbid Rumah Tangga Madrasah

Para WAKA tersebut masih juga dibantu oleh para Koordinator Unit (Kornit) yang mengurusi setiap laboratorium yang ada di MIN Malang 1 ini

Disamping Waka dan Korbid, MIN Malang 1 juga mempunyai Majelis Madrasah (yang dulu disebut BP3) yang tidak hanya membackup masalah pendanaan saja, tapi juga yang berkaitan dengan usulan-usulan yang berhubungan dengan kemajuan MIN Malang 1